Die Differenzierungsphase umfasst im neunjährigen Gymnasium die Klassen 9 bis 10. In der „Differenzierten Mittelstufe" sollen die Schüler/innen auf den Kursunterricht der Oberstufe vorbereitet werden und das Wahlverhalten einüben. Die Unterrichtsstunden der „Differenzierten Mittelstufe" gliedern sich in einen Pflicht- und einen Wahlbereich. Neben dem für alle Schüler/innen gemeinsamen Pflichtbereich wählt jeder für zwei Jahre als individuellen Schwerpunkt einen Kurs nach seinen Neigungen und Interessen.
Zur Wahl stehen neben einer dritten Fremdsprache - Spanisch oder Französisch - ein fächerübergreifender Kurs mit naturwissenschaftlichem (Biologie, Chemie) oder gesellschaftswissenschaftlichem Schwerpunkt (Geschichte, Politik, Erdkunde). In jedem Jahr führt das „STEIN" ein Betriebspraktikum für die Schüler/innen der Klasse 9 durch. Dieses Praktikum soll ihnen einen ersten Einblick in die Berufs- und Arbeitswelt ermöglichen und Orientierung für die spätere Berufswahl bieten. Vorbereitet wird der 14-tägige „Einsatz vor Ort" bereits in Klasse 8, wenn es darum geht, ein Bewerbungsschreiben für den Praktikumsplatz abzufassen.
In Klasse 9 ist das Schreiben eines Praktikumsberichtes Thema des Deutschunterrichts. Es folgen Besuche in der Sparkasse Münster (Vorträge und Filme zum Thema „Vorstellung und Bewerbung") und im Berufsinformationszentrum (BIZ) des Arbeitsamtes.